16S rRNA测序可以对特定环境下细菌和古菌的微生物种类和丰度进行有效的鉴定。与传统测序相比,新一代测序可以省去繁琐的构建文库的过程,使大量样本平行上机,对每个样本进行深度测序,从而更有效地分析不同样本间的微生物组成与成分差异,进而阐明物种丰度种群结构等生态学信息。


1 测序策略

平台:建议应用Roche 454平台,对各样本加不同的MID标签序列,进行混合样本的建库和测序,也可应用MiSeq平台

文库:amplicon

数据量:对每个混合文库进行1/2 R或1R的454测序;对于16S rRNA混合文库测序,需要构建amplicon文库。由于ghost well效应是Roche 454 在amplicon文库测序中的固有技术问题,所以数据产量会低于正常值。 


                               


2 质量控制       

4台Roche 454 & 454+;        

 严格使用Roche 454原厂试剂,保证90%碱基准确度达Q40;         

Macrogen与Roche保持密切的信息分析合作研究,已共同发表多篇国际高影响力的文章。


 3 信息分析

a. 基本信息分析    按标准流程进行base calling、raw data数据整理及数据质量评估。

b. 标准信息分析  根据MID区分并整理不同样品的序列;  物种组成分析(与RDP、Silva、GreenGene等数据库比对);  alpha及beta多样性统计(软件Mothur、QIIME等)。 

c. 高级信息分析    根据客户的具体研究进行的个性化分析。 

                                                     


4 技术资料         16S rRNA测序在极端环境微生物多样性研究中的应用。 


5 参与发表文章

。Contemporary environmental variation determines microbial diversity patterns in acid mine drainage. The ISME Journal,    2012. J Mol Microbiol Biotechnol, 2012.

。Comparative analysis of Korean human gut microbiota by barcoded pyrosequencing. PLoS ONE, 2011.

。Novel biphenyl-oxidizing bacteria and dioxygenase genes from a Korean tidal mudflat. Appl Environ Microbiol, 2011.

。The Use of Coded PCR Primers Enables High-Throughput Sequencing of Multiple Homolog Amplification Products by 454 Parallel Sequencing . PLoS ONE, 2007.


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