科技服务
Technology service
+人类基因组
+微生物基因组
- 技术简介
- 研究方案
mate pair文库，即为通常所说的大片段文库，其数据可很好地延长Scaffold N50的长度，在一定程度上减少scaffold的数量，从而显著提高组装结果，并有利于后续生物学意义的深入和准确挖掘，以达到国际上影响因子较高杂志的文章要求。
由于大片段文库构建流程的特殊性及其对实验经验的高要求，其构建难度远高于shotgun文库。大片段文库的构建难度主要体现在以下几个方面：
随着插入片段越长文库构建成功率越低；
不同物种基因组的重复度高低等指标均会影响大片段文库插入片段长度的目标值；
随着插入片段的增大，文库冗余率的升高等均会影响大片段文库最终有效数据的产出。
1. 测序方案
千年基因拥有最成熟的大片段文库构建流程及测序方案，在HiSeq 2000/2500及454平台均能成功构建2Kb-40Kb等不同长度插入片段的大片段文库。
1.1 文库：2Kb、3Kb、5Kb、8Kb、10Kb、20Kb、40Kb等不同长度插入片段的大片段文库
1.2 测序平台：HiSeq 4000及454平台
2. 信息分析
2.1 基本信息分析
采用CASAVA v1.8.2 和FastQC 软件，按illumina 标准流程进行base calling 及数据产出统计；
按照标准过滤原则对将raw data 过滤成clean data；
raw data 及clean data 的数据量及Q20、Q30统计；
raw data 及clean data 测序质量分布图，GC/AT含量分布图。
2.2 标准信息分析
文库大小评估：绘制mate pair文库insert size分布图（需提供参考基因组信息或近缘物种基因组序列信息作为参考）；
mate pair文库PCR duplication rate统计。
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