目标区域测序是指针对感兴趣的目标区域富集后进行大规模测序,从而有效地节约了单个样品的研究成本。若该目标区域不在人全外显子组的覆盖范围内则需根据目标区域专门定制捕获芯片。通过对大量样本的目标区域研究,有助于发现和验证疾病相关候选基因或相关位点,在临床诊断和药物开发方面有着巨大的应用潜力。

 

1 捕获平台

        Macrogen主要采用3种目标区域捕获平台:Illumina TruSeq Custom Enrichment Kit、NimbleGen SeqCap EZ Choice Library Kit及Agilent SureSelect Target Enrichment Kit,需要根据目标区域序列来设计捕获探针。

a. Illumina TruSeq Custom Enrichment Kit

捕获范围500kb-25Mb,常用于变异验证、特定基因检测及GWAS研究。

b. NimbleGen SeqCap EZ Choice Library Kit

适用于100kb-7Mb范围的目标DNA捕获,高效的捕获结果适用于各种高通量测序平台。

c. Agilent SureSelect Target Enrichment Kit

捕获范围200kb-24Mb或更多,灵活的捕获范围适用于DNA和RNA研究。

 

2 实验方案

捕获平台:根据单个样本累计预捕获的目标区域范围进行选择。

测序平台:HiSeq 2000 100PE

文库:shotgun

数据量:建议至少做100×测序

 

3 质量控制

         30台HiSeq 2000/2500;

         Illumina Genome Network亚太区唯一一家成员,同时受 Illumina Genome Network 和 Illumina CSPro 监管,严格使用原厂

         试剂,是Illumina平台全球最高质量的代表;

         HiSeq 2000平台平均大于99%碱基准确度达Q20,保证大于85%碱基准确度达Q30,平均clean data占raw data90%以上。

 

4 数据分析

a. 基本信息分析

   按标准流程进行base calling、raw data数据整理及数据质量评估。

 

b. 标准信息分析

   与数据库进行比对,检测SNP和InDel;

   变异所在基因的功能注释与统计;

   家系分析和疾病分析。

 

c. 高级信息分析

   根据客户的具体研究进行的个性化分析。



5 参与发表文章

。Targeted Sequencing of Cancer-Related Genes in Colorectal Cancer Using Next-Generation Sequencing.

。Genetic diagnosis of Duchenne and Becker muscular dystrophy using next-generation sequencing technology:

    comprehensive mutational search in a single platform

. J Med Genet, 2011.


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