PacBio RS II

平台简介:

PacBio RS II是Pacific Biosciences公司研发的单分子实时测序系统(Single Molecule Real Time, SMRT),DNA测序是在SMRT Cell中进行的,其专利SMRT Cell含有15,000个纳米级的零模波导孔(zero-mode waveguides, ZMWs),每个ZMW都能够包含一个DNA聚合酶及一条DNA样品链进行单分子测序,并实时检测插入碱基的荧光信号。该平台无需扩增即可直接对单个分子进行测序,有效避免了PCR扩增偏好性及GC偏好性。同时,可利用测序过程聚合酶反应的动力学变化首次实现对碱基修饰进行直接测序。目前,千年基因拥有2台PacBio RS II测序系统。

 

我们的优势:





质量认证:

千年基因是国内唯一一家通过Pacific Biosciences CSP (Certified Service Provider)认证的公司,在Pacific Biosciences的监督下,向研究人员提供最高质量的三代测序。

 

CSP认证信息见如下链接:http://www.pacb.com/products-and-services/service-providers/


质量标准:

严格的质量控制,各项数据指标已达国内最高水平。碱基准确度>99.999%(QV50),读长最长可达50Kb,reads N50高达25Kb,数据产出高达1.4Gb/SMRT Cell,远超PacBio官方提供的数据标准。

 

结果展示:

如下为千年基因应用PacBio RS II完成的某高杂合昆虫基因组de novo测序结果,可见原始数据和subreads数据产出均可稳定在1Gb/Cell以上,subreads平均长度可稳定在8Kb左右,有利于基因组拼接获得更长的Contigs。

 

表1. 原始数据产出

Cell Name

Filter

Polymerase Read Bases

Polymerase Reads

Polymerase Read N50

Polymerase Read Length

Polymerase Read Quality

1

Pre-Filter

1,258,042,933

150,292

15,927

8,370

0.586

Post-Filter

1,218,199,242

102,777

16,031

11,852

0.831

2

Pre-Filter

1,291,844,918

150,292

16,389

8,595

0.592

Post-Filter

1,242,215,613

103,136

16,507

12,044

0.833

3

Pre-Filter

1,338,509,455

150,292

16,252

8,906

0.615

Post-Filter

1,284,244,611

107,042

16,374

11,997

0.834

4

Pre-Filter

1,246,603,366

150,292

16,179

8,294

0.569

Post-Filter

1,212,426,685

99,908

16,289

12,135

0.829


表2. sbureads数据产出

Cell Name

Subread Bases

Subreads

Avg. Subread length

1

1,216,208,739

142,387

8,541

2

1,240,251,777

141,712

8,751

3

1,282,216,678

146,746

8,737

4

1,210,465,949

138,614

8,732

 

2017年01月04日

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