GS FLX / GS FLX +

1. 平台简介       

2005年454公司推出第一台Genome Sequencer 20 System高通量测序仪,开创了边合成边测序的先河。后来454被Roche收购后于2007年推出了GS FLX系统。GS FLX平台的读长范围是360bp-550bp,GS FLX+应用于基因组DNA的读长是700-1000bp,应用于没有参考基因组的物种测序。GS FLX平台长读长的数据更有利于全面检测基因组所发生的变异,鉴别等位基因信息,从而为基因组的组装提供高质量的框架,更有利于挖掘其相关的生物学意义。尤其是GS FLX+升级完成后,序列数据将基因拼接到更长的基因组片段中,使研究人员可专注于生物学研究,而不像使用短读长测序系统那样,花大量的时间在高度多样性片段的拼接方面。         
          
        GS FLX & GS FLX+平台目前已成为国际公认的全基因组&转录组de novo测序平台,至今已有2324篇文献发表。其中全基因组de novo测序相关的文章为564篇,包括真核生物、原核生物、线粒体以及叶绿体等质体的全基因组de novo测序项目,其中大型真核生物和原核生物的总文献数约为380篇。 

2. 应用领域       

目前应用GS FLX&GS FLX+已完成鳕鱼、双驼峰、西红柿、大麻、大麦、苹果、草莓、可可、蓝芥、麻风树、火鸡、袋鼠、诗神袖蝶、鹿角珊瑚、大头切叶蚁、阿根廷蚁、火蚁等基因组测序,共有2324篇文献发表,其中全基因组de novo测序相关的文章为564篇,包括真核生物、原核生物、线粒体以及叶绿体等质体的全基因组de novo测序项目,其中大型真核生物和原核生物的总文献数约为380篇。
 
GS FLX & GS FLX+测序文章汇编 ;

全基因组de novo测序技术方案

16S rRNA PCR产物测序技术方案 。   


3. 数据产出  


GS FLX+

GS FLX

读长

~1,000 bp

~600 bp

典型读长

700 bp

450 bp

测序长度分布

85%以上的reads>500 bp

45%以上的reads>700 bp

85%以上的reads>300 bp

20%以上的reads>500 bp

测序通量

>700 Mb **

450-650 Mb

每个Run reads数

~ 1,000,000

~ 1,000,000

准确度

99.997%

99.995%

运行时间

23小时

10小时

样本要求

DNA或cDNA

DNA、cDNA或PCR产物

注:目前在Macrogen千年基因应用GS FLX+于基因组DNA测序项目时每个run的数据产出已经稳定达到900M,并且在合同中明确保证大于90%的碱基准确度达到Q40。 


4. 实验流程

 

5. Macrogen应用此平台的优势

4台GS FLX&GS FLX+;

严格使用Roche 454原厂试剂,保证90%碱基准确度达Q40;

与Roche保持密切的信息分析合作研究,已共同发表多篇国际高影响力的文章;

丰富的国际项目执行经验使此平台的优势在Macrogen得到最佳体现,GS FLX整个run的数据产出为0.5G,GS FLX+应用于基因组         DNA的数据产出已稳定达到0.9G(Roche官方数据为>0.7G)。


 6. Macrogen应用此平台的项目举例

国际油棕榈基因组计划:基因组大为17G,Macrogen负责12X 454的测序和组装工作。
        国际玉米基因组计划:在Macrogen完成了大量的测序组装工作,国际玉米基因组团队仍有大量样本在Macrogen进行重测序。
        国际可可基因组计划:以454平台完成测序,Macrogen负责部分测序和分析工作。
        国际白菜基因组计划:Macrogen完成了部分Shotgun文库测序、8X的BAC文库测序及部分分析工作,最终通过gap-filling将全因组的contigs缩小至5个。
        国际马铃薯基因组计划:Macrogen完成了部分Shotgun文库、6X 454测序及部分分析工作。
       中国花生基因组计划:Macrogen联合广东省农业科学院、山东省农业科学院及山东圣丰种业科技有限公司共同启动,Macrogen负责全部测序及部分信息分析工作,目前已取得阶段性成果,花生转录组de novo测序文章已发表。
       娃娃鱼(大鲵)全基因组测序项目:Macrogen联合河南师范大学共同启动,Macrogen全面负责全基因组和转录组测序及信息分    析工作,双方共同负责测序数据的生物学意义挖掘及文章撰写。
  


7. Macrogen参与发表文章 


2017年01月04日

添加时间:

上一个:

Ion Proton

下一个:

Ion Proton
本网站由阿里云提供云计算及安全服务 Powered by CloudDream