1 捕获平台      

人外显子组测序是以高效捕获为前提,主要针对人类基因组编码区域进行的选择性测序。目前,Macrogen主要采用以下三种外显子组捕获平台。

a. Illumina TruSeq Exome Enrichment Kit 

b. NimbleGen SeqCap EZ 

c. Agilent SureSelect Human All Exon Kit

 

2 实验方案

捕获平台:推荐Agilent SureSelect Human All Exon V5,特点如下:

a. 样本量要求为1.0ug;

b. 捕获范围为50Mb,包括21,522条基因的357,999个外显子区域;

c. 根据CCDS、RefSeq、GENECODE、miRNABase、TCGA及UCSC数据库设计探针,可有效获得外显子区及其周边区域的变异信息。

测序平台:HiSeq 4000 100PE

文库:shotgun

数据量:建议做125X 深度测序,得到约6.5Gb的数据量

 

3 质量控制

Illumina Genome Network亚太区唯一一家成员,同时受 Illumina Genome Network 和 Illumina CSPro 监管,严格使用原厂试剂,是Illumina平台全球最高质量的代表;

HiSeq 4000平台平均大于99%碱基准确度达Q20,保证大于85%碱基准确度达Q30,实际测序中大于90%碱基准确度达Q30,平均clean data占raw data90%以上。

 

4 数据分析

a. 基本信息分析

按标准流程进行base calling、raw data数据整理及数据质量评估。

 

b. 标准信息分析 

数据通过BWA与UCSC hg19数据库进行比对,通过SAMTOOLS检测SNP和InDel变异信息;

将SNP和InDel与最新发布的dbSNP 和千人基因组数据进行比对分析,寻找稀有变异;

变异所在基因的功能注释(GO、Pathway);

变异基因保守性预测及致病性分析(SIFT、Polyphen-2、GERP);

 根据家系及疾病模式进行多样本分析。

 

c. 高级信息分析

根据客户的具体研究近写的个性化分析。 



5 技术资料

外显子组测序在癌症研究中的应用。      

外显子组测序在遗传病研究中的应用。 

外显子组测序成败的关键质量。

 

6 参与发表文章  

。Recombination mapping using Boolean logic and high-density SNP genotyping for exome sequence filtering. Molecular

    Genetics and Metabolism, 2012. 

。Exome sequencing identifies null and null as susceptibility genes for monomelic amyotrophy. Neuromuscular

    Disorders, 2012.    

。A homozygous frameshift mutation of sepiapterin reductase gene causing parkinsonism with onset in childhood. 

    Parkinsonism and Related Disorders, 2012. 

。Exome sequencing and subsequent association studies identify five amino acid-altering variants influencing human height.

    Hum Genet, 2012. 

。Comprehensive genomic analyses associate UGT8 variants with musical ability in a Mongolian population. J Med Genet,

    2012.

。Inactivating KISS1 mutation and hypogonadotropic hypogonadism. The New England Journal of Medicine, 2012.

。Exome sequencing is an efficient tool for genetic screening of Charcot–Marie–Tooth Disease. Human Mutation, 2012.


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