• 动植物基因组de novo测序
  • 微生物基因组测序

目前已经采用PacBio RS II平台开展的细菌和真菌物种有:嗜麦芽寡养单胞菌,金黄色葡萄球菌,大肠杆菌O104,乳酸菌,空肠弯曲菌,金黄色葡萄球菌,绿脓假单胞杆菌,梭状芽胞杆菌,耐辐射螺旋体菌,番茄溃疡病菌,淋病奈瑟氏菌,钩端螺旋体,甲基盐菌,赭色锁掷酵母,木拉科酵母,马克斯克鲁维酵母,葡萄穗霉,胶囊青霉,黄萎病菌,甘蔗鞭黑粉菌,艾滋病毒,茎菌属,肠道沙门氏菌,幽门螺杆菌,北里孢菌,嘴突脐孢,尖端赛多孢子菌,可杀死种传黄萎病菌等。如下表2统计了应用PacBio RS II平台开展的微生物全基因组de novo项目。

 

表1. 应用PacBio RS II平台开展的微生物全基因组de novo项目(统计结果截止2015年11月)

中文名

拉丁名

发表时间

刊物/会议

基因组大小

菠萝

Ananas comosus (L.) Merr.

2015

Nature Genetics

526 Mb

海豆芽

Lingula anatina

2015

Nature Communications

425 Mb

海带

Saccharina japonica

2015

Nature Communications

545 Mb

红豆

Vigna angularis

2015

Biorxiv

542 Mb

海岛棉

Gossypium barbadense

2015

Scientific Reports

2.47 Gb

网蛱蝶

Glanville fritillary

2014

Nature Communications

393 Mb

南极蠓

Belgica antarctica

2014

Nature Communications

99 Mb

虎皮鹦鹉

Melopsittacus undulatus

2014

Giga Science

1.23 Gb

斯氏按蚊

Anopheles stephensi

2014

Genome Biology

235 Mb

小粒咖啡

coffea canephora

2014

Science

710 Mb

中粒咖啡

coffea Arabica

2015

PAG XXIII

1.3 Gb

欧基尼奥伊德斯种咖啡

coffea eugenioides

2015

PAG XXIII

670 Mb

甜瓜

Cucumis melo L.

2015

PAG XXIII

450 Mb

小扁豆

Lens culinaris Medik.

2015

PAG XXIII

4.3 Gb

紫花苜蓿

Medicago sativaL.

2015

PAG XXIII

830-860 Mb

蒺藜苜蓿

Medicago truncatula

2015

PAG XXIII

420 Mb

一种黍型草

Oropetium thomaeum

2015

PAG XXIII

250 Mb

云南黑山羊

Capra hircus

2015

PAG XXIII

2.9 Gb

小蓬草

Conyza canadensis

2015

PAG XXIII

335 Mb

斑点叉尾鮰

Ictalurus punctatus

2015

PAG XXIII

833 Mb

小菜蛾

Plutella xylostella

2015

PAG XXIII

343 Mb

垂枝桦

Betula pendula

2015

PAG XXIII

440 Mb

冰叶日中花

Mesembryanthemum crystallinum L.

2015

PAG XXIII

——

豌豆

Pisum  sativum  L.

2015

PAG XXIII

——

矮牵牛

Petunia axillaris

2015

PAG XXIII

——

Petunia exserta

——

大刍草/墨西哥玉米

Zea mays ssp. Parviglumis teosinte inbred lines  TIL01

2015

PAG XXIII

2.4 Gb

Zea mays ssp. Parviglumis teosinte inbred lines  TIL11

2.4 Gb

韩国梨

Pyrus pyrifollia

2015

PAG Aisa

584 Mb

橡胶树

Hevea brasiliensis

2015

PAG Aisa

1.3 Gb

尖吻鲈

Lates calcarifer

2015

PAG Aisa

700 Mb

罗非鱼

Oreochromis mossambicus

2015

PAG Aisa

1 Gb

珍珠粟

Pennisetum  glaucum L.

2014

PAG XXII

1.76 Gb

黑麦草

Lolium perenne

2014

PAG XXII

2,068 Mb

芒果

Mangifera  indica L.

2014

PAG XXII

450 Mb

凡纳滨对虾

Litopenaeus vannamei

2014

PAG Aisa

2.6 Gb

籼稻

Indica Rice

2014

PAG Aisa

432  Mb


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