• 动植物基因组de novo测序
  • 细菌基因组完成图
  • 真菌基因组精细图
  • 全长转录本测序Iso-Seq

产品优势:

长读长能够更好地跨越基因组高重复序列、转座子区域以及大的拷贝数变异区域和结构变异区,从而实现对高杂合及高重复基因组的完美组装;

更长的Contig N50/Scaffold N50/Assembly,Contig N50提高200%;

更少的Contigs和Scaffolds数量,Contigs数量减少50%;

更全面的基因组结构信息、功能基因信息等。

 

研究方案:

 

以三代平台PacBio RS II为主开展动植物全基因组测序,建议PacBio RS II长reads测序深度不低于50×,一方面是保证有足够的高质量长reads测序数据;另一方面是保证能够采用最优的软件拼接获得高质量的组装结果,如HGAP软件拼接时则建议测序深度不低于50×。

说明:

1. 若组装序列全部是PacBio reads,进行de novo组装时,其要求PacBio reads测序深度>50×,建议采用HGAP & Quiver或者PBcR &MHAP软件进行de novo拼接;

3. 若是采用Hybid组装策略,即组装序列中既有PacBio 长reads,又有HiSeq短reads时,其要求PacBio reads测序深度≥20×,则建议采用PBcR & ECTools或者PBJelly 2软件进行de novo组装;

4. 若仅采用PacBio 长reads来进行gap filling,其要求PacBio reads测序深度>5×,则建议采用PBJelly等软件来填补gap。

https://github.com/PacificBiosciences/Bioinformatics-Training/wiki/Large-Genome-Assembly-with-PacBio-Long-Reads


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